Merelbeke kent een lange geschiedenis die teruggaat tot de vroege middeleeuwen. De naam zou afkomstig zijn van “Mere” (moeras of water) en “beke” (beek), wat verwijst naar het waterrijke landschap langs de Schelde. De ligging aan de rivier maakte de streek aantrekkelijk voor landbouw en bewoning.
In de middeleeuwen groeide Merelbeke uit tot een landelijke nederzetting in de buurt van Gent. Het gebied viel onder verschillende heerlijkheden. Landbouw was eeuwenlang de belangrijkste bron van bestaan. De nabijheid van Gent zorgde voor handel en uitwisseling.
In de 19e eeuw veranderde Merelbeke geleidelijk. De aanleg van spoorwegen en betere wegen versterkte de verbinding met Gent. Hierdoor groeide de bevolking en ontstonden er kleine industriële activiteiten naast de landbouw.
Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd in Merelbeke zwaar gevochten. In april 1918 vonden er hevige gevechten plaats tijdens het Duitse lenteoffensief. Het dorp liep aanzienlijke schade op. Ook tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de streek bezet en had de bevolking te lijden onder de oorlogsomstandigheden.
Na de oorlog herstelde Merelbeke zich snel. Door de uitbreiding van Gent evolueerde het dorp in de tweede helft van de 20e eeuw steeds meer tot een residentiële gemeente. Nieuwe woonwijken kwamen erbij, terwijl het landelijke karakter deels bewaard bleef.
Sinds 2025 maakt Merelbeke deel uit van de fusiegemeente Merelbeke-Melle. Vandaag combineert de gemeente haar historische wortels met een moderne, goed bereikbare ligging vlak bij Gent.